손 또는 발의 통증은 다양한 질환에 의해서 다양한 형태로 일어납니다. 외상에 의한 인대, 힘줄, 연골, 뼈 등의 손상은 그 정도가 심해서 수술을 고려할 경우 MRI에 적응증이 됩니다.  특히 발목은 일상생활 중 또는 운동 중에 잘 손상이 되는 부분으로 흔히 잘 파열되는 인대가 있어 이 인대의 파열 여부를 진단할 때는 MR이 절대적인 역할을 하게 됩니다.
 
이외 손발 관절, 연부조직의 염증이나 류마티스 관절염 등의 병의 진행정도를 파악하기 위해 MRI를 사용하기도 합니다.